در این فهرست، پانصد نسخه ( 1286 رساله از رساله‏های علوم عقلی اسلامی) معرفی شده است، كه این تصاویر از بیش از صد مرکز نگهداری نسخ خطی داخل و خارج از کشور تهیه شده است. این کتاب افزون بر ویژگی‌های ساختاری که در جلد نخست بدان اشاره شد، ویژگی‏های ممتاز و ارزشمند دیگری (از نظر محتوا) نیز دارد که در ادامه بدانها اشاره می‏کنیم:

. نسخ نادر از نظر مؤلّف و ناموجود بودن در ایران

• ابوحنیفه، نعمان بن ثابت (80-150): وصایا أبی‌حنیفهْْ لإبنه حمّاد (نسخه 4/820).
• ابوالحسن خرقانی (352-425): شجره شیخ ابوالحسن خرقانی (نسخه4/570).
• ابن‏سینا (370-428): المبدء و المعاد (نسخه 78/815).
• همو: الهدایهْْ فی الحكمهْْ (نسخه 1/985).
• سلیمان بن ناصر انصاری (ف.512): شرح الإرشاد (نسخه 1000).
• ابن‌برجان، عبدالسلام بن عبدالرحمان (ف. ‎۵۳۶؟): تفسیر ابن‌برجان: تنبیه الأفهام إلی تدبّر الکتاب الحکیم و تعرف الآیات و النبأ العظیم (سه جلد) نسخه‏های 865-867.
• محمد بن عبدالملک دیلمی (زنده در ‎۵۸۹): مهمات الواصلین من الصوفیهْْ (نسخه 4/580 و 10/580).
• همو:  الجمع بین التوحید و التعظیم (11/580).
• همو: المسائل الملمّع بالوقائع البدائع المبرهن بدلائل الشرع (نسخه 12/580).
• همو: مرآهْْ الأرواح (نسخه 2/580 و 2/600).
• همو: إصلاح الأخلاق و مفتاح الأغلاق علی معارج الطالبین و مدارج السالکین (نسخه 3/580).
• همو: غایهْْ الإمکان فی درایهْْ المکان (نسخه 8/580).
• همو: عجائب المعارف و بدائع الغرائب (نسخه 9/580).
• همو: منتخب محک النفوس و مرشد المحبوب (نسخه 3/600).
• همو: معرفهْْ التوحید (نسخه 832).
• محمود بن احمد فاریابی (ف. 607): خالصهْْ الحقائق (نسخه ‏‎۶۸۵).
• مجدالدین بغدادی (ف. 607): إجازه مجدالدین بغدادی به رضی‌الدین علی لالا (نسخه 10/525).
• همو: بیان المحجهْْ (نسخه 25/525).
• همو: مراتب موجودات (نسخه 26/525).
• نجم‏الدین کبری (ف.618؟): إجازه نجم‏الدین الکبری به محمد بن عمر البخاری (نسخه 19/525).
• همو: إجازهْْ نجم‏الدین الکبری لابن هیثم (نسخه20/525).
• همو: إجازهْْ الشیخ نجم‏الدین الکبری لشرف‏الدین زین‏الإسلام محمد بن ... (نسخه 5/525).
• همو: إجازهْْ الشیخ نجم‏الدین الکبری لمحمد بن عبدالله الخرقان (نسخه 6/525).
• همو: إجازهْْ نجم‏الدین الکبری للشیخ علی بن سعید لالا(نسخه 8/525).
• همو: إجازهْْ نجم‌الدین الكبری لسعد الدین الحموی (نسخه 10/525 و 6/600).
• همو: إجازهْْ نجم‌الدین الكبری لمحمد بن أبی‌بكر البورنی (نسخه 7/525).
• همو: نصیحهْْ الخواص (15/525).
• همو: وصیت نجم‌الدین كبری به شیخ زنكی بن علی بن حسین جوینی (نسخه 13/525 و 14/525).
• همو: [نه پرسش از نجم‏الدین کبری و پاسخ آنها] (نسخه 16/525).
• همو: نسبهْْ خرقهْْ سیف‌الدین الباخرزی (نسخه 7/600).
• ابن‏قدامه (ف. 620): إثبات صفهْْ العلو لله الواحد القهار (نسخه ‏‎۷۵۰).
• ابن‏عربی (ف. 638): أسرار تکبیرات الصلاهْْ (14/510).
• همو: نتایج الأذکار فی المقرَّبین و الأبرار (نسخه 4/510).
• همو: فضل شهادهْْ التوحید و وصف توحید الموقنین (نسخه 1/530).
• همو: جواب سؤال ابن‏سودکین عن أعلی المراتب و الأحوال (نسخه 13/510).
• رضی‏الدین علی لا لا (ف. 642؟): طریق السلوک (نسخه 27/525).
• همو: الآیات و الأحادیث الدالهْْ علی الذکر (28/525).
• ابن‏سودکین نوری (ف. 646): النص الإدریسی (نسخه 24/510).
• همو: شرح مشاهد الأسرار القدسیهْْ و مطالع الأنوار الإلهیّهْْ (نسخه 550).
• سعدالدین حمویه (ف. 560): رسالهْْ فی ظهور خاتم الولایهْْ (نسخه 3/715).
• همو: کشف الغطاء و رفع الحجاب (نسخه 2/715).
• همو: کشف المحجوب (نسخه 2/870).
• اثیرالدین ابهری (ف. 660؟): زبدهْْ الأسرار (نسخه‏‎۸۳۰).
• صدرالدین قونوی (ف. 673): زبدهْْ التحقیق و نزههْْ التوفیق فی شرح النصوص فی تحقیق الطور المخصوص (نسخه 3/555).
• علاءالدوله سمنانی (ف. 736): فصول الأصول (نسخه 1/575).
• عبدالله بخاری (زنده در 736): مشارق النصوص عن غوامض الفصوص (نسخه 621).
• محمد بن محمد ورادی (ف. قرن8): شرح الفصوص لابن العربی (نسخه705).
• عبدالله بن خلیل بسطامی (ف. 794): رسالهْْ الإحسان فی بیان فضیلهْْ شعب الإیمان (نسخه 1/870).
• جمال‏الدین خلوتی (ف. قبل از 801): مرشد السالکین (نسخه 1/885).
• همو، منقذ الهالکین (نسخه 2/885).
• قطب‌الدین (ف. 885): فتح مفتاح الغیب (نسخه 840).
• بایزید خلخالی (ف. قرن 9): خلاصهْْ العقاید (نسخه 5/635).
• محمد بن عمر باج مال کندی (تولد 964): الکفایهْْ الوفیهْْ فی إیضاح بعض کلمات الصوفیهْْ (خطی ‏‎۸۷۹).
• عبدالمحسن بن سلیمان کورانی (ف. 1040): جامع الأسرار (دو جلد) (نسخه‏های ‏‎۸۳۵ و 836).
• محمد بن محمد تافلانی (ف. 1191): الفتح الصدیقی فی توجیه کلام الشیخ الأکبر (نسخه 701).

2. نسخ نادر از نظر خاص بودن موضوع

• إزهاق الباطل فی ردّ شبه الفرقهْْ الوهابیهْْ: تألیف امام الحرمین محمد بن عبدالوهاب همدانی (ف. 1303) مکتوب به دست محمد نجف‌آبادی در محرم ‎۱۲۸۳‎. مؤلف به برخی نوشته‏های محمد بن عبدالوهاب در دفاع از وهابیت دست یافته و در مقام پاسخ به آنها برآمده است (نسخه 947).

3. نسخ نادر از نظر کتابت به دست مؤلّف

• محیی‏الدین ابن‏عربی (ف. 638): الباء، کتابت در بیت‏المقدس در ‎۶۰۲‎ (نسخه 2/530).
• همو: تاج التراجم، کتابت در نوزدهم شوال‎۶۱۷‎ (نسخه 4/530).
• همو: الجلالهْْ، کتابت در سیزدهم صفر‎۶۰۵‎ (نسخه ‏7/530).
• همو: شواهد الحق فی القلب، کتابت در قرن هفتم (نسخه ‎5/530).
• همو: جواب سؤال ابن‏سودکین عن أعلی المراتب و الأحوال، کتابت در قرن ‎هفتم‎ (نسخه ‏‎6/530).
• همو: الأزل، کتابت در قرن هفتم (نسخه ‏‎8/530).
• هبهْْ‌الله بن احمد طرازی (ف. 733): التبصرهْْ فی أصول الدین علی مذهب الإمام أبی‌حنیفهْْ، کتابت چهارشنبه دوم ربیع‌الاول‎۷۲۰‎ (نسخه 995).
• محمد بن احمد بسطامی (ف. 807)، تذکرهْْ المرید لطلب المزید، کتابت در حلب در پنجشنبه پانزدهم رجب‎۷۹۷ (نسخه 913).
• علی بن محمد طوسی (ف. 887؟)، شرح مطالع الأنوار، کتابت در قرن ‎نهم‎ (نسخه 990).
• شیخ مکّی(ف. قرن 9): ناصحهْْ الهائمین و فاتحهْْ الحائمین، تألیف و کتابت در هفتم جمادی‌الاول ‎۸۵۶‎ (نسخه ‎۹۰۰).
• علی بن سلطان محمد قاری هروی (ف. 1014): جمع الوسائل فی شرح الشمائل النبی…، کتابت در نیمه شعبان ‎۱۰۰۸‎ (نسخه 962).
• محمد بن علی اصغر نوری (ف. قرن 13)، تنزیه الحجج عن دنس العبث، کتابت در جمادی‌الاول ‎۱۲۴۶‎(نسخه ‏‎۸۴۷).
• محمد بن فرج‌الله قاضی دزفولی (ف. قرن 13): مائهْْ حدیث، کتابت در ‎۱۲۷۳‎ (نسخه 804).
• محمدکاظم عصّار (1226-1315ش): مواهب الرضویهْْ فی دفع الشبهات المقولهْْ و المنویهْْ، کتابت در 1308ش (نسخه 828).

4.  نسخ خاص از نظر کتابت به دست مشاهیر علوم عقلی

• نسخه 705: شرح الفصوص لابن العربی: شارح محمد بن محمد ورادی (ف. ‎۸)
  و کاتب ـ به گفته عثمان یحیی در مؤلفات ابن‏عربی (ص‎۴۸۲) ـ همان عبدالله بوسنوی (992-1054) یکی از شارحان فصوص ابن‏عربی است که این شرح را در آخر ربیع‌الاول ‎۱۰۰۰‎ استنساخ کرده است. البته پذیرش سخن عثمان یحیی قدری دشوار می‏نماید؛ زیرا مطابق این اعتقاد باید گفت بوسنوی در ‎هشت سالگی این نسخه را کتابت کرده است، مگر آنكه بتوان در سال تولد بوسنوی مناقشه كرد.

5. نسخ خاص از نظر تاریخ کتابت

• الإیمان و معالمه و سننه و استکماله و درجاته، تألیف ابوعبید قاسم بن سلام (154؟-224؟) مکتوب در 488 (نسخه 711).
• شرح الإرشاد، تألیف سلیمان بن ناصر انصاری (512)، مکتوب در دهه آخر شعبان 517 (نسخه 1000).
• المصابیح فی تفسیر القرآن العظیم، نوشته حسین بن علی وزیر مغربی (ف. 418) مکتوب در قرن ششم (نسخه 898).
• دلائل النبوهْْ (الجزء السادس من ...) ،تألیف ابونعیم احمد بن عبدالله (336-430) مکتوب به دست عزّ بن فضائل در هفتم محرم 600 (نسخه 887).
• کرامات الأولیاء، تألیف هبهْْ‌الله بن حسن لالکائی (‎۴۱۸) مکتوب در رمضان 622 (نسخه 2/859).
• شرح الإشارات و التنبیهات، نوشته خواجه نصیرالدین طوسی (597-672) مکتوب به‌دست احمد بن محمد سمرقندی در شهر مراغه در اواسط جمادی‏الاول 661 (نسخه 880).
• مونس العشاق، نوشته شیخ اشراق یحیی بن حبش سهروردی (ف. 622)
  مکتوب به‌دست مبارک بن اصیل قرطاسی در بیست و نهم ذیحجه 686 (نسخه 1/730).
• تحصیل السعادهْْ، نوشته ابن‏سینا (370-428)، مکتوب در 733 (نسخه 939).
• الأجوبهْْ عن الأسئلهْْ الفاخرهْْ رداً علی الملهْْ الکافرهْْ، نوشته احمد بن ادریس قرافی (626-684) مکتوب به دست خلیل بن علی در صفر 737 (نسخه 937).
• التسدید فی شرح التمهید لقواعد التوحید یا شرح حسین بن علی صغناقی (ف. 710) بر التمهید لقواعد التوحید، میمون بن محمد نسفی (ف. 508) مکتوب به‌دست الیاس بن یعقوب در اواخر ذیقعده ‎۷۴۴‎ (نسخه‏‎۹۵۰).
• شرح الموجز و شرح المقدمهْْ فی المنطق، نوشته علی بن محمد بندی (ف. قرن 7) مکتوب در چهاردهم ذیقعده 744 (نسخه 932).
• شرح حکمهْْ الإشراق، نوشته قطب‌الدین محمود بن مسعود شیرازی (634-710) مکتوب در دهم ربیع‏الاول 787 (نسخه 1/980).